Гладкоствольное ружье Benelli M3 Super 90 является дальнейшим развитием ружья М1 той же фирмы в направлении универсальности применения. Используя ту же автоматику с инерционным отпиранием поворотного затвора (см описание в статье про Бенелли М1), ружье М3 получило и альтернативный режим работы – ручное перезаряжание при помощи продольно подвижного цевья – так называемое помповое перезаряжание. Помповый режим позволяет отстреливать из ружья боеприпасы, развивающие слишком малую или наоборот, слишком большую отдачу, например – несмертельные выстрелы со слезоточивым газом или резиновыми пулями. Кроме того, в конструкцию введена отсечка магазина, позволяющая при стрельбе в помповом режиме заряжать ружье при отведенном назад затворе по одному патрону через окно для выброса гильз. Такой режим позволяет например стрелять по одному патрону резиновыми пулями, имея в магазине запас патронов с боевой картечью на случай ухудшения обстановки. Отсечка магазина управляется при помощи рычажка, расположенного рядом со спусковой скобой. Выбор режимов "полуавтомат" – "помпа" осуществляется специальным вращающимся кольцом с насечкой, расположенным в передней части подвижного цевья. Рукоятка взведения затвора в самозарядном режиме расположена справа на затворной раме.
Ствольная коробка ружья изготовлена из алюминиевого сплава, приклад и цевье – из пластика. Выпускаются варианты со складным прикладом, однако складной вверх приклад в сложенном виде перекрывает прицельные приспособления. Прицельные приспособления – как правило винтовочного типа, с высокой мушкой и открытым или диоптрическим целиком. Возможна установка коллиматорных прицелов, лазерных целеуказателей, фонарей.